HaHafeng
bbf98c4d5c
Backend fixes: - Fix PgBoss task infinite loop on SAE (root cause: missing queue table constraints) - Add singletonKey to prevent duplicate job enqueueing - Add idempotency check in reviewWorker (skip completed tasks) - Add optimistic locking in reviewService (atomic status update) Frontend fixes: - Add isSubmitting state to prevent duplicate submissions in RVW Dashboard - Fix API baseURL in knowledgeBaseApi (relative path) Cleanup (removed): - Old frontend/ directory (migrated to frontend-v2) - python-microservice/ (unused, replaced by extraction_service) - Root package.json and node_modules (accidentally created) - redcap-docker-dev/ (external dependency) - Various temporary files and outdated docs in root New documentation: - docs/07-运维文档/01-PgBoss队列监控与维护.md - docs/07-运维文档/02-故障预防检查清单.md - docs/07-运维文档/03-数据库迁移注意事项.md Database fix applied to RDS: - Added PRIMARY KEY to platform_schema.queue - Added 3 missing foreign key constraints Tested: Local build passed, RDS constraints verified
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6.6 KiB
Markdown
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Markdown
# 文档处理引擎
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> **能力定位：** 通用能力层
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> **复用率：** 86% (6个模块依赖)
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> **优先级：** P0
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> **状态：** 🔄 升级中（pymupdf4llm + 统一架构）
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> **最后更新：** 2026-01-20
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## 📋 能力概述
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文档处理引擎是平台的核心基础能力，将各类文档统一转换为 **LLM 友好的 Markdown 格式**，为知识库构建、文献分析、数据导入等场景提供基础支撑。
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### 设计目标
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1. **多格式支持** - 覆盖医学科研领域 20+ 种文档格式
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2. **LLM 友好输出** - 统一输出结构化 Markdown
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3. **表格保真** - 完整保留文献中的表格信息（临床试验核心数据）
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4. **可扩展架构** - 方便添加新格式支持
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## 🔄 重大更新（2026-01-20）
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### PDF 处理方案升级
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| 变更 | 旧方案 | 新方案 |
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| 工具 | PyMuPDF + Nougat | ✅ **pymupdf4llm** |
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| 表格处理 | 基础文本 | ✅ Markdown 表格 |
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| 多栏布局 | 手动处理 | ✅ 自动重排 |
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| 依赖复杂度 | 高（GPU） | ✅ 低 |
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**关键决策：**
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- `pymupdf4llm` 是 PyMuPDF 的上层封装，**自动包含 pymupdf 依赖**
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- 移除 Nougat 依赖，简化部署
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- 扫描版 PDF 单独使用 OCR 方案处理
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## 📊 支持格式
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### 格式覆盖矩阵
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| 分类 | 格式 | 推荐工具 | 优先级 | 状态 |
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|------|------|----------|--------|------|
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| **文档类** | PDF | `pymupdf4llm` | P0 | ✅ |
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| | Word (.docx) | `mammoth` | P0 | ✅ |
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| | PPT (.pptx) | `python-pptx` | P1 | ✅ |
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| | 纯文本 | 直接读取 | P0 | ✅ |
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| **表格类** | Excel (.xlsx) | `pandas` + `openpyxl` | P0 | ✅ |
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| | CSV | `pandas` | P0 | ✅ |
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| | SAS/SPSS/Stata | `pandas` + `pyreadstat` | P2 | 🔜 |
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| **网页类** | HTML | `beautifulsoup4` + `markdownify` | P1 | ✅ |
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| **引用类** | BibTeX/RIS | `bibtexparser` / `rispy` | P1 | ✅ |
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| **医学类** | DICOM | `pydicom` | P2 | 🔜 |
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## 📊 依赖模块
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**6个模块依赖（86%复用率）：**
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| 模块 | 用途 | 核心格式 |
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| **ASL** - AI智能文献 | 文献 PDF 提取 | PDF |
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| **PKB** - 个人知识库 | 知识库文档上传 | PDF, Word, Excel |
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| **DC** - 数据清洗 | 数据导入 | Excel, CSV |
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| **SSA** - 智能统计分析 | 数据导入 | Excel, CSV, SAS/SPSS |
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| **ST** - 统计分析工具 | 数据导入 | Excel, CSV |
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| **RVW** - 稿件审查 | 稿件文档提取 | Word, PDF |
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## 🏗️ 技术架构
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### 统一处理器架构
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```
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┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
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│ DocumentProcessor │
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│ (统一入口：自动检测文件类型，调用对应处理器) │
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├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
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│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │
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│ │ PDF │ │ Word │ │ PPT │ │ Excel │ │
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│ │ Processor │ │ Processor │ │ Processor │ │ Processor │ │
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│ │pymupdf4llm│ │ mammoth │ │python-pptx│ │ pandas │ │
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│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │
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├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
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│ 输出: 统一 Markdown 格式 │
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└─────────────────────────────────────────────────────────────┘
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```
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### 目录结构
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```
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extraction_service/
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├── main.py - FastAPI 主服务
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├── document_processor.py - 统一入口
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├── processors/
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│ ├── pdf_processor.py - PDF 处理 (pymupdf4llm)
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│ ├── docx_processor.py - Word 处理 (mammoth)
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│ ├── pptx_processor.py - PPT 处理 (python-pptx)
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│ ├── excel_processor.py - Excel 处理 (pandas)
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│ ├── csv_processor.py - CSV 处理 (pandas)
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│ ├── html_processor.py - HTML 处理 (markdownify)
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│ └── reference_processor.py - 文献引用处理
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└── requirements.txt
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```
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## 💡 快速使用
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### 基础用法
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```python
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from document_processor import DocumentProcessor
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# 创建处理器
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processor = DocumentProcessor()
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# 转换任意文档为 Markdown
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md = processor.to_markdown("research_paper.pdf")
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md = processor.to_markdown("report.docx")
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md = processor.to_markdown("data.xlsx")
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```
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### PDF 表格提取
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```python
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import pymupdf4llm
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# PDF 转 Markdown（自动保留表格结构）
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md_text = pymupdf4llm.to_markdown(
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"paper.pdf",
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page_chunks=True, # 按页分块
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write_images=True, # 提取图片
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)
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```
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## 📚 API 端点
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```
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POST /api/extract/pdf - PDF 文本提取
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POST /api/extract/docx - Word 文本提取
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POST /api/extract/txt - TXT 文本提取
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POST /api/extract/excel - Excel 表格提取
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POST /api/extract/pptx - PPT 文本提取（新增）
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POST /api/extract/html - HTML 文本提取（新增）
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GET /health - 健康检查
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```
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## 📦 核心依赖
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```txt
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# PDF
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pymupdf4llm>=0.0.10
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# Word
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mammoth>=1.6.0
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# PPT
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python-pptx>=0.6.23
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# Excel/CSV
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pandas>=2.0.0
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openpyxl>=3.1.2
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tabulate>=0.9.0
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# HTML
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beautifulsoup4>=4.12.0
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markdownify>=0.11.6
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# 文献引用
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bibtexparser>=1.4.0
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rispy>=0.7.0
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## 🔗 相关文档
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- [详细设计方案](./01-文档处理引擎设计方案.md) - 完整实现细节
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- [通用能力层总览](../README.md)
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- [PKB 知识库](../../03-业务模块/PKB-个人知识库/00-模块当前状态与开发指南.md)
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- [Dify 替换计划](../../03-业务模块/PKB-个人知识库/04-开发计划/01-Dify替换为pgvector开发计划.md)
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## 📅 更新日志
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### 2026-01-20 架构升级
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- 🆕 PDF 处理升级为 `pymupdf4llm`
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- 🆕 移除 Nougat 依赖
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- 🆕 新增统一处理器架构
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- 🆕 新增 PPT、HTML、文献引用格式支持
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- 📝 创建详细设计方案文档
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### 2025-11-06 初始版本
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- 基础 PDF/Word/Excel 处理
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- Python 微服务架构
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**维护人：** 技术架构师 |