HaHafeng
bbf98c4d5c
Backend fixes: - Fix PgBoss task infinite loop on SAE (root cause: missing queue table constraints) - Add singletonKey to prevent duplicate job enqueueing - Add idempotency check in reviewWorker (skip completed tasks) - Add optimistic locking in reviewService (atomic status update) Frontend fixes: - Add isSubmitting state to prevent duplicate submissions in RVW Dashboard - Fix API baseURL in knowledgeBaseApi (relative path) Cleanup (removed): - Old frontend/ directory (migrated to frontend-v2) - python-microservice/ (unused, replaced by extraction_service) - Root package.json and node_modules (accidentally created) - redcap-docker-dev/ (external dependency) - Various temporary files and outdated docs in root New documentation: - docs/07-运维文档/01-PgBoss队列监控与维护.md - docs/07-运维文档/02-故障预防检查清单.md - docs/07-运维文档/03-数据库迁移注意事项.md Database fix applied to RDS: - Added PRIMARY KEY to platform_schema.queue - Added 3 missing foreign key constraints Tested: Local build passed, RDS constraints verified
文档处理引擎
能力定位： 通用能力层
复用率： 86% (6个模块依赖)
优先级： P0
状态： 🔄 升级中（pymupdf4llm + 统一架构）
最后更新： 2026-01-20
📋 能力概述
文档处理引擎是平台的核心基础能力，将各类文档统一转换为 LLM 友好的 Markdown 格式，为知识库构建、文献分析、数据导入等场景提供基础支撑。
设计目标
- 多格式支持 - 覆盖医学科研领域 20+ 种文档格式
- LLM 友好输出 - 统一输出结构化 Markdown
- 表格保真 - 完整保留文献中的表格信息（临床试验核心数据）
- 可扩展架构 - 方便添加新格式支持
🔄 重大更新（2026-01-20）
PDF 处理方案升级
| 变更 | 旧方案 | 新方案 |
|---|---|---|
| 工具 | PyMuPDF + Nougat | ✅ pymupdf4llm |
| 表格处理 | 基础文本 | ✅ Markdown 表格 |
| 多栏布局 | 手动处理 | ✅ 自动重排 |
| 依赖复杂度 | 高（GPU） | ✅ 低 |
关键决策：
pymupdf4llm是 PyMuPDF 的上层封装，自动包含 pymupdf 依赖- 移除 Nougat 依赖，简化部署
- 扫描版 PDF 单独使用 OCR 方案处理
📊 支持格式
格式覆盖矩阵
| 分类 | 格式 | 推荐工具 | 优先级 | 状态 |
|---|---|---|---|---|
| 文档类 | pymupdf4llm |
P0 | ✅ | |
| Word (.docx) | mammoth |
P0 | ✅ | |
| PPT (.pptx) | python-pptx |
P1 | ✅ | |
| 纯文本 | 直接读取 | P0 | ✅ | |
| 表格类 | Excel (.xlsx) | pandas + openpyxl |
P0 | ✅ |
| CSV | pandas |
P0 | ✅ | |
| SAS/SPSS/Stata | pandas + pyreadstat |
P2 | 🔜 | |
| 网页类 | HTML | beautifulsoup4 + markdownify |
P1 | ✅ |
| 引用类 | BibTeX/RIS | bibtexparser / rispy |
P1 | ✅ |
| 医学类 | DICOM | pydicom |
P2 | 🔜 |
📊 依赖模块
6个模块依赖（86%复用率）：
| 模块 | 用途 | 核心格式 |
|---|---|---|
| ASL - AI智能文献 | 文献 PDF 提取 | |
| PKB - 个人知识库 | 知识库文档上传 | PDF, Word, Excel |
| DC - 数据清洗 | 数据导入 | Excel, CSV |
| SSA - 智能统计分析 | 数据导入 | Excel, CSV, SAS/SPSS |
| ST - 统计分析工具 | 数据导入 | Excel, CSV |
| RVW - 稿件审查 | 稿件文档提取 | Word, PDF |
🏗️ 技术架构
统一处理器架构
┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ DocumentProcessor │
│ (统一入口：自动检测文件类型，调用对应处理器) │
├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
│ ┌───────────┐ ┌───────────┐ ┌───────────┐ ┌───────────┐ │
│ │ PDF │ │ Word │ │ PPT │ │ Excel │ │
│ │ Processor │ │ Processor │ │ Processor │ │ Processor │ │
│ │pymupdf4llm│ │ mammoth │ │python-pptx│ │ pandas │ │
│ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ └───────────┘ │
├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
│ 输出: 统一 Markdown 格式 │
└─────────────────────────────────────────────────────────────┘
目录结构
extraction_service/
├── main.py - FastAPI 主服务
├── document_processor.py - 统一入口
├── processors/
│ ├── pdf_processor.py - PDF 处理 (pymupdf4llm)
│ ├── docx_processor.py - Word 处理 (mammoth)
│ ├── pptx_processor.py - PPT 处理 (python-pptx)
│ ├── excel_processor.py - Excel 处理 (pandas)
│ ├── csv_processor.py - CSV 处理 (pandas)
│ ├── html_processor.py - HTML 处理 (markdownify)
│ └── reference_processor.py - 文献引用处理
└── requirements.txt
💡 快速使用
基础用法
from document_processor import DocumentProcessor
# 创建处理器
processor = DocumentProcessor()
# 转换任意文档为 Markdown
md = processor.to_markdown("research_paper.pdf")
md = processor.to_markdown("report.docx")
md = processor.to_markdown("data.xlsx")
PDF 表格提取
import pymupdf4llm
# PDF 转 Markdown（自动保留表格结构）
md_text = pymupdf4llm.to_markdown(
"paper.pdf",
page_chunks=True, # 按页分块
write_images=True, # 提取图片
)
📚 API 端点
POST /api/extract/pdf - PDF 文本提取
POST /api/extract/docx - Word 文本提取
POST /api/extract/txt - TXT 文本提取
POST /api/extract/excel - Excel 表格提取
POST /api/extract/pptx - PPT 文本提取（新增）
POST /api/extract/html - HTML 文本提取（新增）
GET /health - 健康检查
📦 核心依赖
# PDF
pymupdf4llm>=0.0.10
# Word
mammoth>=1.6.0
# PPT
python-pptx>=0.6.23
# Excel/CSV
pandas>=2.0.0
openpyxl>=3.1.2
tabulate>=0.9.0
# HTML
beautifulsoup4>=4.12.0
markdownify>=0.11.6
# 文献引用
bibtexparser>=1.4.0
rispy>=0.7.0
🔗 相关文档
📅 更新日志
2026-01-20 架构升级
- 🆕 PDF 处理升级为
pymupdf4llm - 🆕 移除 Nougat 依赖
- 🆕 新增统一处理器架构
- 🆕 新增 PPT、HTML、文献引用格式支持
- 📝 创建详细设计方案文档
2025-11-06 初始版本
- 基础 PDF/Word/Excel 处理
- Python 微服务架构
维护人： 技术架构师