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AIclinicalresearch/backend
HaHafeng 75ceeb0653 hotfix(dc/tool-c): Fix compute formula validation and binning NaN serialization
Critical fixes:
1. Compute column: Add Chinese comma support in formula validation
   - Problem: Formula with Chinese comma failed validation
   - Fix: Add Chinese comma character to allowed_chars regex
   - Example: Support formulas like 'col1(kg)+ col2,col3'

2. Binning operation: Fix NaN serialization error
   - Problem: 'Out of range float values are not JSON compliant: nan'
   - Fix: Enhanced NaN/inf handling in binning endpoint
   - Added np.inf/-np.inf replacement before JSON serialization
   - Added manual JSON serialization with NaN->null conversion

3. Enhanced all operation endpoints for consistency
   - Updated conditional, dropna endpoints with same NaN/inf handling
   - Ensures all operations return JSON-compliant data

Modified files:
- extraction_service/operations/compute.py: Add Chinese comma to regex
- extraction_service/main.py: Enhanced NaN handling in binning/conditional/dropna

Status: Hotfix complete, ready for testing
2025-12-09 08:45:27 +08:00
..
2025-10-12 09:51:11 +08:00

AI临床研究平台 - 后端服务

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快速开始

1. 环境要求

  • Node.js >= 18
  • PostgreSQL 15+
  • Redis 7+

2. 安装依赖

npm install

3. 配置环境变量

复制.env.example.env并配置:

cp .env.example .env

4. 初始化数据库

# 生成Prisma Client
npm run prisma:generate

# 执行数据库迁移
npm run prisma:migrate

# 可选打开Prisma Studio查看数据
npm run prisma:studio

5. 启动开发服务器

npm run dev

服务器将在 http://localhost:3001 启动

6. 验证服务

访问以下端点验证服务是否正常:

项目结构

backend/
├── prisma/
│   └── schema.prisma          # 数据库模型定义
├── src/
│   ├── config/
│   │   ├── env.ts             # 环境变量配置
│   │   └── database.ts        # 数据库连接
│   ├── controllers/           # 控制器层
│   ├── services/              # 业务逻辑层
│   ├── routes/                # 路由定义
│   ├── types/                 # TypeScript类型定义
│   ├── utils/                 # 工具函数
│   └── index.ts               # 应用入口
├── .env                       # 环境变量不提交到Git
├── .env.example               # 环境变量模板
├── package.json               # 项目配置
└── tsconfig.json              # TypeScript配置

NPM Scripts

  • npm run dev - 启动开发服务器hot reload
  • npm run build - 构建生产版本
  • npm run start - 启动生产服务器
  • npm run prisma:generate - 生成Prisma Client
  • npm run prisma:migrate - 执行数据库迁移
  • npm run prisma:studio - 打开Prisma Studio

数据库设计

详见:../docs/01-设计文档/数据库设计文档.md

API文档

详见:../docs/01-设计文档/API设计规范.md

技术栈

  • 框架: Fastify
  • ORM: Prisma
  • 数据库: PostgreSQL
  • 缓存: Redis
  • 语言: TypeScript
  • 日志: Pino

Day 5 完成情况

初始化后端项目Node.js + TypeScript 配置Fastify框架 配置Prisma ORM 创建数据库表(执行迁移) 数据库连接测试通过

所有核心功能已完成!🎉