chore: add remaining test docs, scripts and temp files

- Add Git commit preparation checklist
- Add Phase testing guides and issue tracking
- Add utility scripts (env setup, test data initialization)
- Add temp migration SQL files (for reference)
- Update startup scripts and README
- Remove obsolete scripts

智能引用功能-测试指南.md

@@ -0,0 +1,205 @@
+# 🧪 智能引用功能 - 快速测试指南
+
+**功能名称**：智能文献引用与出处显示  
+**测试时间**：约10分钟  
+**测试环境**：需要重启后端
+
+---
+
+## 🚀 Step 1: 重启后端（1分钟）
+
+```bash
+# 停止当前后端（Ctrl+C），然后：
+cd D:\MyCursor\AIclinicalresearch\backend
+npm run dev
+```
+
+**等待看到**：
+```
+✓ Server running on http://localhost:5000
+```
+
+---
+
+## 🧪 Step 2: 测试智能问答（5分钟）
+
+### 操作步骤
+
+1. **访问**：http://localhost:3000/chat
+2. **选择知识库**：点击"@"图标 → 选择 `阿尔兹海默知识库（优化版）`
+3. **提问1**：`这个知识库有几个文件？请列出所有文件`
+4. **观察AI回答**
+
+### ✅ 预期效果
+
+AI应该这样回答：
+
+```markdown
+根据检索结果，这个知识库包含以下文件[来源1][来源2][来源3]...
+
+（AI的正常回答内容）
+
+---
+
+📚 **参考文献**
+
+[1] 📄 **阿尔兹海默综述2023.pdf** - 第3段 (相关度95%)
+    "阿尔兹海默病是一种神经退行性疾病，主要表现为记忆力减退、认知..."
+
+[2] 📄 **临床试验报告.pdf** - 第7段 (相关度87%)
+    "研究表明β-淀粉样蛋白在病理过程中起关键作用，是导致神经元损伤..."
+
+[3] 📄 **药物治疗进展.pdf** - 第12段 (相关度82%)
+    "当前主要的治疗方法包括胆碱酯酶抑制剂和NMDA受体拮抗剂，这些药物..."
+
+... (最多15个引用)
+```
+
+### 关键检查点
+
+- ✅ AI回答中是否使用 `[来源1]`、`[来源2]` 等编号标记？
+- ✅ 回答结束后是否显示 `---` 分隔线？
+- ✅ 是否显示 `📚 **参考文献**` 标题？
+- ✅ 每个引用是否包含：
+  - ✅ 编号 `[1]`
+  - ✅ 图标 📄
+  - ✅ **文件名**（加粗）
+  - ✅ 段落位置（如"第3段"）
+  - ✅ 相关度分数（如"相关度95%"）
+  - ✅ 缩进的上下文预览（带引号）
+
+---
+
+### 🧪 更多测试问题
+
+**提问2**：`请总结这7篇文献的核心观点`
+
+**提问3**：`比较不同文献的研究方法`
+
+**提问4**：`哪些文献讨论了药物治疗？`
+
+---
+
+## 🧪 Step 3: 测试对话功能（可选，3分钟）
+
+1. **访问**：http://localhost:3000/projects
+2. **选择**：任意项目 → 任意对话
+3. **在对话中**：@知识库 + 提问
+4. **验证**：是否同样显示引用清单
+
+---
+
+## 📊 效果评估标准
+
+### ✅ 成功标准
+
+| 检查项 | 是否通过 |
+|--------|---------|
+| AI使用[来源N]标记 | ☐ |
+| 显示分隔线和标题 | ☐ |
+| 文件名正确显示 | ☐ |
+| 段落位置显示 | ☐ |
+| 相关度分数显示 | ☐ |
+| 上下文预览100字以内 | ☐ |
+| 引用数量合理（1-15个） | ☐ |
+
+**如果以上全部通过** ✅ → 功能成功！
+
+---
+
+## 🐛 常见问题
+
+### Q1: 没有显示引用清单？
+
+**原因**：
+- 可能没有选择知识库（@）
+- 或者知识库没有检索到相关内容
+
+**解决**：
+1. 确认已经选择了知识库（输入框上方应显示知识库标签）
+2. 尝试更具体的问题
+
+---
+
+### Q2: 引用格式不对？
+
+**检查**：
+1. 后端是否重启？（必须重启才能应用新代码）
+2. 浏览器控制台有错误吗？（F12查看）
+3. 后端日志中是否有 `📚 追加 X 个引用清单`？
+
+---
+
+### Q3: AI没有使用[来源N]标记？
+
+**原因**：AI可能忽略了prompt指令
+
+**不影响**：引用清单仍然会正确显示，只是AI没有在回答中明确标注
+
+**改进方向**：可以在prompt中加强指导（已经做了）
+
+---
+
+## 🎯 测试后的决策
+
+### 如果效果满意 ✅
+
+**说明**：
+- 引用功能完美运行
+- 用户可以清楚看到AI引用的所有出处
+- 40-50%的文献覆盖率足够使用
+
+**下一步**：
+- ✅ 标记测试完成
+- ✅ Phase 1.5 全部完成
+- ✅ 进入里程碑2（开发其他11个智能体）
+
+---
+
+### 如果还需要改进 ⚠️
+
+**可能的问题**：
+1. 引用数量太多（15个太多）→ 可调整top_k
+2. 上下文预览太短（100字不够）→ 可调整maxLength
+3. 还是想看完整文献 → 启动Phase 2（全文精读模式）
+
+**请告诉我具体问题**，我会立即调整！
+
+---
+
+## 📸 截图建议
+
+建议截图以下内容供记录：
+
+1. **AI回答部分**：显示[来源N]标记的使用
+2. **引用清单部分**：完整的参考文献列表
+3. **浏览器控制台**：无错误（F12 → Console标签）
+4. **后端日志**：显示 `📚 追加 X 个引用清单`
+
+---
+
+## 📞 反馈格式
+
+测试完成后，请告诉我：
+
+**简单反馈**：
+> 效果很好 ✅ / 有问题 ❌
+
+**详细反馈**（如果有问题）：
+> - 问题描述：___
+> - 测试问题：___
+> - 实际看到的：___
+> - 期望看到的：___
+
+---
+
+## 🎉 测试完成
+
+测试通过后，我们可以：
+1. 更新里程碑文档
+2. 标记Phase 1.5完成
+3. 开始里程碑2的开发
+
+**现在就开始测试吧！** 🚀
+
+