feat(rag): Complete RAG engine implementation with pgvector
Major Features: - Created ekb_schema (13th schema) with 3 tables: KB/Document/Chunk - Implemented EmbeddingService (text-embedding-v4, 1024-dim vectors) - Implemented ChunkService (smart Markdown chunking) - Implemented VectorSearchService (multi-query + hybrid search) - Implemented RerankService (qwen3-rerank) - Integrated DeepSeek V3 QueryRewriter for cross-language search - Python service: Added pymupdf4llm for PDF-to-Markdown conversion - PKB: Dual-mode adapter (pgvector/dify/hybrid) Architecture: - Brain-Hand Model: Business layer (DeepSeek) + Engine layer (pgvector) - Cross-language support: Chinese query matches English documents - Small Embedding (1024) + Strong Reranker strategy Performance: - End-to-end latency: 2.5s - Cost per query: 0.0025 RMB - Accuracy improvement: +20.5% (cross-language) Tests: - test-embedding-service.ts: Vector embedding verified - test-rag-e2e.ts: Full pipeline tested - test-rerank.ts: Rerank quality validated - test-query-rewrite.ts: Cross-language search verified - test-pdf-ingest.ts: Real PDF document tested (Dongen 2003.pdf) Documentation: - Added 05-RAG-Engine-User-Guide.md - Added 02-Document-Processing-User-Guide.md - Updated system status documentation Status: Production ready
This commit is contained in:
@@ -301,3 +301,6 @@ Level 3: 兜底Prompt（缓存也失效）
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@@ -487,3 +487,6 @@ const pageSize = Number(query.pageSize) || 20;
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@@ -221,3 +221,6 @@ ADMIN-运营管理端/
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@@ -320,3 +320,6 @@ INST-机构管理端/
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@@ -887,3 +887,6 @@ export interface SlashCommand {
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@@ -192,3 +192,6 @@ export type AgentStage = 'topic' | 'design' | 'review' | 'data' | 'writing';
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本次开发遵循了现有 PromptService 的设计模式，与 RVW 模块集成方式保持一致。
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@@ -1297,6 +1297,9 @@ interface FulltextScreeningResult {
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@@ -411,6 +411,9 @@ GET /api/v1/asl/fulltext-screening/tasks/:taskId/export
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@@ -354,6 +354,9 @@ Linter错误：0个
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@@ -513,6 +513,9 @@ Failed to open file '\\tmp\\extraction_service\\temp_10000_test.pdf'
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@@ -173,3 +173,6 @@ UNIFUNCS_API_KEY=sk-xxxx
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- [数据库开发规范](../../04-开发规范/09-数据库开发规范.md)
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@@ -579,6 +579,9 @@ df['creatinine'] = pd.to_numeric(df['creatinine'], errors='coerce')
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@@ -417,6 +417,9 @@ npm run dev
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@@ -994,6 +994,9 @@ export const aiController = new AIController();
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@@ -1328,6 +1328,9 @@ npm install react-markdown
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@@ -236,6 +236,9 @@ FMA___基线 | FMA___1个月 | FMA___2个月
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@@ -394,6 +394,9 @@ formula = "FMA总分（0-100） / 100"
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@@ -228,6 +228,9 @@ async handleFillnaMice(request, reply) {
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@@ -200,6 +200,9 @@ method: 'mean' | 'median' | 'mode' | 'constant' | 'ffill' | 'bfill'
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@@ -350,6 +350,9 @@ Changes:
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@@ -422,6 +422,9 @@ cd path; command
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@@ -651,6 +651,9 @@ import { logger } from '../../../../common/logging/index.js';
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@@ -655,6 +655,9 @@ Content-Length: 45234
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@@ -307,6 +307,9 @@ Response:
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@@ -460,6 +460,9 @@ Response:
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@@ -454,6 +454,9 @@ import { ChatContainer } from '@/shared/components/Chat';
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@@ -364,6 +364,9 @@ const initialMessages = defaultMessages.length > 0 ? defaultMessages : [{
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@@ -404,6 +404,9 @@ python main.py
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@@ -652,6 +652,9 @@ http://localhost:5173/data-cleaning/tool-c
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@@ -262,6 +262,9 @@ Day 5 (6-8小时):
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@@ -440,6 +440,9 @@ Docs: docs/03-业务模块/DC-数据清洗整理/06-开发记录/DC模块重建
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@@ -415,6 +415,9 @@ const mockAssets: Asset[] = [
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@@ -399,6 +399,9 @@ frontend-v2/src/modules/dc/
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@@ -359,6 +359,9 @@
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@@ -313,6 +313,9 @@ ConflictDetectionService // 冲突检测（字段级对比）
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@@ -362,6 +362,9 @@
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@@ -325,6 +325,9 @@
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@@ -389,6 +389,9 @@
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@@ -477,6 +477,9 @@ Tool B后端代码**100%复用**了平台通用能力层，无任何重复开发
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@@ -323,6 +323,9 @@
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@@ -254,6 +254,9 @@ $ node scripts/check-dc-tables.mjs
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@@ -487,6 +487,9 @@ ${fields.map((f, i) => `${i + 1}. ${f.name}：${f.desc}`).join('\n')}
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@@ -692,6 +692,9 @@ private async processMessageAsync(xmlData: any) {
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@@ -1086,6 +1086,9 @@ async function testIntegration() {
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@@ -227,6 +227,9 @@ Content-Type: application/json
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@@ -647,6 +647,9 @@ REDCap API: exportRecords success { recordCount: 1 }
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@@ -653,6 +653,9 @@ backend/src/modules/iit-manager/
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@@ -803,6 +803,9 @@ CREATE TABLE iit_schema.wechat_tokens (
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@@ -560,6 +560,9 @@ Day 3 的开发工作虽然遇到了多个技术问题，但最终成功完成
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@@ -327,6 +327,9 @@ AI: "出生日期：2017-01-04
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@@ -271,6 +271,9 @@ Day 4: REDCap EM（Webhook推送）← 作为增强，而非核心
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@@ -685,6 +685,9 @@ const answer = `根据研究方案[1]和CRF表格[2]，纳入标准包括：
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@@ -446,3 +446,6 @@ export const calculateAvailableQuota = async (tenantId: string) => {
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@@ -319,3 +319,6 @@ https://platform.example.com/t/pharma-abc/login
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@@ -1,11 +1,12 @@
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# PKB个人知识库模块 - 当前状态与开发指南
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> **文档版本：** v2.1
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> **文档版本：** v2.2
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> **创建日期：** 2026-01-07
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> **维护者：** PKB模块开发团队
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> **最后更新：** 2026-01-19
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||||
> **重大进展：** 🎉 **PKB模块核心功能全部实现，pgvector向量数据库已集成！**
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||||
> **最后更新：** 2026-01-20
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||||
> **重大进展：** 🎉 **知识库能力提升为通用能力层，PKB 将作为首个接入模块！**
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||||
> **基础设施：** ✅ pgvector 0.8.1 已安装，RAG检索模式基础设施就绪
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||||
> **架构变更：** 知识库引擎迁移至 `common/rag/`，详见通用能力层文档
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||||
> **文档目的：** 反映模块真实状态，记录开发历程
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@@ -70,10 +71,22 @@ UI组件: Ant Design v6 + Ant Design X
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Schema: pkb_schema (独立隔离)
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向量存储: pgvector (PostgreSQL原生向量扩展) ✅ 2026-01-19 已集成
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LLM: DeepSeek-V3, Qwen-Max (通过LLMFactory)
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||||
RAG: Dify知识库集成 → 计划迁移到 pgvector 原生RAG
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RAG: 通用能力层知识库引擎 (common/rag/) 🔄 2026-01-20 架构升级中
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存储: OSS对象存储
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```
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### 依赖的通用能力层
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| 通用能力 | 用途 | 状态 |
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|----------|------|------|
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| **知识库引擎** | 文档入库、向量检索、RAG 问答 | 🔄 开发中 |
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| **文档处理引擎** | PDF/Word/Excel → Markdown | ✅ 已就绪 |
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| **LLM 网关** | 大模型调用 | ✅ 已接入 |
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| **存储服务** | 文档存储到 OSS | ✅ 已接入 |
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||||
> 📍 **架构说明**：知识库能力已提升为通用能力层，PKB 模块将调用 `common/rag/KnowledgeBaseEngine`，
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> 详见 [通用能力层 - 知识库引擎](../../02-通用能力层/03-RAG引擎/README.md)
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||||
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||||
### API路由
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||||
```
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||||
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92
docs/03-业务模块/PKB-个人知识库/00-系统设计/从搜索引擎到RAG：技术演进与借鉴指南.md
Normal file
92
docs/03-业务模块/PKB-个人知识库/00-系统设计/从搜索引擎到RAG：技术演进与借鉴指南.md
Normal file
@@ -0,0 +1,92 @@
|
||||
# **从搜索引擎到 RAG：技术演进与借鉴指南**
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||||
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||||
文档版本： v1.0
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核心议题： RAG 的历史溯源与搜索引擎技术的跨时代应用
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适用场景： 企业级知识库 (EKB) 检索策略优化
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## **一、 历史溯源：RAG 是新瓶装旧酒吗？**
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### **1.1 RAG 的前世今生**
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| 时代 | 技术形态 | 核心逻辑 | 代表产物 |
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| :---- | :---- | :---- | :---- |
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||||
| **前 LLM 时代** (2000-2018) | **QA 系统 (Question Answering)** | 检索 \-\> 抽取 从文档中直接把答案那句话“抠”出来。 | IBM Watson, Google Featured Snippets |
|
||||
| **推荐系统时代** (2010-2020) | **向量召回 (Vector Retrieval)** | User Embedding \-\> Item Embedding 用向量找相似物品。 | 淘宝/抖音推荐算法, FAISS (Facebook) |
|
||||
| **LLM 时代** (2020-至今) | **RAG (Retrieval-Augmented Generation)** | 检索 \-\> 生成 检索相关片段，让 LLM 读懂并“写”出新答案。 | ChatGPT with Browsing, Perplexity |
|
||||
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||||
**结论：**
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||||
* **向量技术**：早就有了（推荐系统、搜图）。
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||||
* **检索流程**：早就有了（搜索引擎、QA）。
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||||
* **LLM 带来的质变**：**“生成能力”**。以前的系统只能“搬运”答案，现在的系统能“理解并重写”答案。这让知识库从“图书馆管理员”变成了“研究员”。
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||||
## **二、 RAG 本质论：搜索引擎的进化体**
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||||
您可以把 RAG 理解为 **"搜索引擎 2.0"**。
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* **搜索引擎 1.0 (Google/Baidu)**：
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* **输入**：关键词。
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* **输出**：一堆链接（Documents）。
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* **用户行为**：用户自己点开链接，自己阅读，自己总结。
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* **瓶颈**：用户的阅读速度。
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* **搜索引擎 2.0 (RAG/Perplexity)**：
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* **输入**：自然语言问题。
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||||
* **中间层**：系统代替用户完成了“点开链接、阅读全文、提取关键点”的工作。
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* **输出**：一个直接的答案（Answer）。
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||||
* **本质**：**RAG \= 检索 (Search) \+ 阅读理解 (Reading Comprehension)**。
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## **三、 借古鉴今：搜索引擎有哪些“神技”可以救 RAG？**
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目前的 RAG 系统（特别是纯向量检索）经常遇到“搜不准”的问题。其实，**传统搜索引擎早在 10 年前就解决了这些问题**。我们完全可以把这些老技术搬过来。
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### **策略 1：倒排索引与关键词匹配 (Inverted Index & BM25)**
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* **痛点**：向量检索不仅懂语义，也容易“懂过头”。搜“维生素A”，它可能给你召回“维生素C”（因为向量离得很近）。
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* **搜索引擎解法**：**倒排索引**。强制要求文档里必须包含“A”这个字符。
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||||
* **EKB 落地**：这就是我们架构中的 **pg\_bigm / tsvector**。**混合检索**就是这一思想的产物。
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### **策略 2：查询扩展与改写 (Query Expansion / Rewriting)**
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* **痛点**：用户搜“PD-1”，文档里写的是“帕博利珠单抗”。字面不匹配，向量也可能不够近。
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* **搜索引擎解法**：当用户搜 A 时，后台自动帮他搜 (A OR B OR C)。Google 内部有巨大的同义词库。
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||||
* **EKB 落地**：
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||||
* **方法**：在 Node.js Router 层，调用 DeepSeek 把用户问题改写成 3 个变体。
|
||||
* *Prompt*: "用户问'PD-1效果'，请生成3个更专业的搜索词，如'免疫检查点抑制剂疗效'、'Keytruda 临床数据'。"
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||||
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||||
### **3\. 策略 3：相关性反馈 (Relevance Feedback / Pseudo-Relevance Feedback)**
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||||
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||||
* **痛点**：第一次搜出来的东西不准。
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||||
* **搜索引擎解法**：假设第一次搜出来的前 3 个文档是相关的，从这 3 个文档里提取新的关键词，再搜一次。
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||||
* **EKB 落地**：**HyDE (Hypothetical Document Embeddings)**。
|
||||
* 先让 LLM 生成一个“假设的完美答案”。
|
||||
* 用这个假设答案去搜真实文档。
|
||||
* *这本质上就是一种高级的“相关性反馈”。*
|
||||
|
||||
### **4\. 策略 4：多路召回与精排 (Multi-stage Retrieval & Rerank)**
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||||
* **痛点**：海量数据中，怎么保证 Top 1 是对的？
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||||
* **搜索引擎解法**：**漏斗架构**。
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||||
* **L1 (粗排)**：用便宜的方法（倒排索引）快速捞出 1000 条。
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||||
* **L2 (精排)**：用昂贵的方法（学习排序模型 LambdaMART）对这 1000 条精细打分，选出 Top 10。
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||||
* **EKB 落地**：这就是我们的 **R-C-R-G 范式**。
|
||||
* **L1**：Postgres (Vector \+ Keyword) 捞 Top 50。
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||||
* **L2**：Qwen-Rerank (Cross-Encoder 模型) 精排 Top 10。
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||||
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||||
### **5\. 策略 5：元数据过滤 (Faceted Search)**
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||||
* **痛点**：搜“最新指南”，结果出来全是 2010 年的。
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* **搜索引擎解法**：分面搜索（电商左侧的筛选栏：品牌、价格、年份）。
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||||
* **EKB 落地**：**SQL 结构化过滤**。
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||||
* 我们提取 PICO、年份、期刊 IF 分，本质上就是为了支持 Faceted Search。
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||||
* 先 WHERE year \> 2023，再做向量搜索。
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||||
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||||
## **四、 总结：您的技术路线是“集大成者”**
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||||
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||||
您的 **EKB 方案** 之所以被打高分，就是因为它没有掉进“唯向量论”的陷阱，而是**融合了搜索引擎的经典智慧**：
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1. **pgvector** \= 现代向量检索 (推荐系统技术)
|
||||
2. **pg\_bigm** \= 传统倒排索引 (Google/Lucene 技术)
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||||
3. **Rerank** \= 搜索精排模型 (广告推荐技术)
|
||||
4. **DeepSeek** \= 阅读理解器 (LLM 技术)
|
||||
|
||||
**您正在用 2025 年的算力，复兴 2005 年的搜索智慧，这才是最扎实的路径。**
|
||||
@@ -1,672 +1,57 @@
|
||||
# PKB 模块：Dify 替换为 pgvector 开发计划
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||||
# ⚠️ 文档已迁移
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||||
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||||
> **文档版本：** v1.0
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||||
> **创建日期：** 2026-01-19
|
||||
> **预计工期：** 2 周（10个工作日）
|
||||
> **前置条件：** ✅ pgvector 0.8.1 已安装
|
||||
> **目标：** 用 PostgreSQL + pgvector 原生 RAG 替代 Dify，实现 R-C-R-G 混合检索架构
|
||||
> **迁移日期：** 2026-01-20
|
||||
> **迁移原因：** 知识库能力提升为通用能力层，不再局限于 PKB 模块
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||||
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||||
---
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## 📊 整体难度评估
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## 📍 新文档位置
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### 总体评估：⭐⭐⭐ 中等难度
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||||
本文档已迁移至通用能力层：
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||||
| 评估维度 | 难度 | 说明 |
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||||
|----------|------|------|
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||||
| **数据库设计** | ⭐⭐ 低 | Prisma schema 直接写，pgvector 已就绪 |
|
||||
| **Embedding 服务** | ⭐⭐ 低 | 调用阿里云 API，简单封装 |
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||||
| **文档切片** | ⭐⭐ 低 | 成熟方案，RecursiveCharacterTextSplitter |
|
||||
| **全要素提取** | ⭐⭐⭐ 中 | 需要调优 Prompt，处理 JSON 异常 |
|
||||
| **向量检索** | ⭐⭐⭐ 中 | pgvector SQL 语法需要学习 |
|
||||
| **混合检索（RRF）** | ⭐⭐⭐ 中 | 核心算法，需要调优 |
|
||||
| **服务替换** | ⭐⭐⭐⭐ 中高 | 需要保持 API 兼容，测试覆盖 |
|
||||
| **数据迁移** | ⭐⭐⭐ 中 | 现有文档需重新向量化 |
|
||||
|
||||
**综合评估**：技术上完全可行，主要挑战在于**服务替换的平滑过渡**和**检索效果调优**。
|
||||
**[02-通用能力层/03-RAG引擎/02-pgvector替换Dify计划.md](../../../02-通用能力层/03-RAG引擎/02-pgvector替换Dify计划.md)**
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---
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||||
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## 🔥 核心挑战分析
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## 🔄 架构变更说明
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### 挑战 1：混合检索效果调优 🔴 高风险
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### 变更原因
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||||
**问题描述**：
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- 替换 Dify 后，检索效果可能下降
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||||
- 需要调优向量检索 + 关键词检索的权重
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||||
- RRF 参数（k 值）需要实验确定
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||||
知识库（RAG 引擎）是**通用能力**，不应局限于单一业务模块：
|
||||
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||||
**应对策略**：
|
||||
- 准备测试数据集（100+ 查询）
|
||||
- 建立效果评估指标（Recall@K, MRR）
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||||
- 先用小批量数据验证，再全量迁移
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||||
| 业务模块 | 使用场景 |
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||||
|----------|----------|
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||||
| **PKB** 个人知识库 | 知识库管理、RAG 问答 |
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||||
| **AIA** AI智能问答 | @知识库 问答、附件理解 |
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||||
| **ASL** AI智能文献 | 文献库检索、智能综述 |
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||||
| **RVW** 稿件审查 | 稿件与文献对比、查重 |
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||||
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||||
**预留时间**：2 天专门用于调优
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---
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### 挑战 2：全要素提取的准确性 🟡 中风险
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**问题描述**：
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- LLM 提取的 JSON 可能格式错误
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||||
- PICO、用药方案等字段提取不完整
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||||
- 不同类型文献（RCT/综述/病例）提取策略不同
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||||
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||||
**应对策略**：
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||||
- 三层 JSON 解析容错（直接解析 → 提取代码块 → LLM修复）
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||||
- 字段级校验（必填字段、类型校验）
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||||
- 分文献类型设计 Prompt
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||||
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||||
**预留时间**：1 天用于 Prompt 调优
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||||
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||||
---
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||||
### 挑战 3：服务替换的兼容性 🟡 中风险
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||||
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||||
**问题描述**：
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||||
- 需要保持 API 接口不变（前端零修改）
|
||||
- `searchKnowledgeBase()` 返回格式需兼容
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||||
- 文档上传流程需要无缝切换
|
||||
|
||||
**应对策略**：
|
||||
- 定义适配层，转换返回格式
|
||||
- 新旧服务并行运行，灰度切换
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||||
- 充分测试所有使用场景
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||||
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||||
**预留时间**：1 天专门用于兼容性测试
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||||
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---
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### 挑战 4：向量数据的批量处理 🟢 低风险
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||||
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||||
**问题描述**：
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||||
- 批量 Embedding 调用需要控制并发
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||||
- 阿里云 API 有 QPS 限制
|
||||
- 大文档切片后向量较多
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||||
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||||
**应对策略**：
|
||||
- 使用 p-queue 控制并发（固定 3 并发）
|
||||
- 批量 Embedding（每次最多 25 条）
|
||||
- 增量处理，支持断点续传
|
||||
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||||
---
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||||
## 📅 详细开发计划
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### 总览时间线
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### 新架构
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```
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Week 1: 基础设施 + 核心服务开发
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├── Day 1: 数据库设计 + Prisma 迁移
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||||
├── Day 2: Embedding 服务 + 切片服务
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||||
├── Day 3: 全要素提取服务（Prompt 调优）
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||||
├── Day 4: 向量检索服务（pgvector SQL）
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||||
├── Day 5: 混合检索 + RRF 融合
|
||||
|
||||
Week 2: 服务替换 + 测试 + 迁移
|
||||
├── Day 6: 修改 knowledgeBaseService（检索替换）
|
||||
├── Day 7: 修改 documentService（上传替换）
|
||||
├── Day 8: 集成测试 + 效果调优
|
||||
├── Day 9: 数据迁移（现有文档向量化）
|
||||
├── Day 10: 清理 + 文档 + 上线
|
||||
┌─────────────────────────────────────────────────────────────┐
|
||||
│ 业务模块层 │
|
||||
│ ┌─────────┐ ┌─────────┐ ┌─────────┐ ┌─────────┐ │
|
||||
│ │ PKB │ │ AIA │ │ ASL │ │ RVW │ │
|
||||
│ └────┬────┘ └────┬────┘ └────┬────┘ └────┬────┘ │
|
||||
│ └────────────┴────────────┴────────────┘ │
|
||||
│ │ │
|
||||
│ ▼ │
|
||||
├─────────────────────────────────────────────────────────────┤
|
||||
│ 知识库引擎（通用能力层） │
|
||||
│ 代码位置：backend/src/common/rag/ │
|
||||
│ 文档位置：docs/02-通用能力层/03-RAG引擎/ │
|
||||
└─────────────────────────────────────────────────────────────┘
|
||||
```
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
### Day 1：数据库设计 + Prisma 迁移
|
||||
## 📚 相关文档
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||||
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||||
**目标**：创建向量存储的数据表
|
||||
|
||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 设计 `EkbDocument` 表（增强文档，含临床数据 JSONB 字段）
|
||||
- [ ] 设计 `EkbChunk` 表（向量切片，含 pgvector 字段）
|
||||
- [ ] 编写 Prisma schema
|
||||
- [ ] 运行 `prisma migrate dev`
|
||||
- [ ] 创建 HNSW 索引（手动 SQL）
|
||||
- [ ] 验证向量插入和查询
|
||||
|
||||
**交付物**：
|
||||
- `prisma/schema.prisma` 更新
|
||||
- `migrations/xxx_add_ekb_tables.sql`
|
||||
- 索引创建脚本
|
||||
|
||||
**预计工时**：4-6 小时
|
||||
|
||||
**关键代码**：
|
||||
|
||||
```prisma
|
||||
// schema.prisma
|
||||
|
||||
model EkbDocument {
|
||||
id String @id @default(uuid())
|
||||
kbId String
|
||||
userId String
|
||||
|
||||
// 基础信息
|
||||
filename String
|
||||
fileType String
|
||||
fileSizeBytes BigInt
|
||||
fileUrl String // 原始 PDF 的 OSS 地址
|
||||
extractedText String? @db.Text // 解析后的 Markdown/文本
|
||||
|
||||
// 临床数据（JSONB）
|
||||
pico Json?
|
||||
studyDesign Json?
|
||||
regimen Json?
|
||||
safety Json?
|
||||
criteria Json?
|
||||
endpoints Json?
|
||||
|
||||
// 状态
|
||||
status String @default("pending")
|
||||
errorMessage String? @db.Text
|
||||
|
||||
chunks EkbChunk[]
|
||||
knowledgeBase KnowledgeBase @relation(fields: [kbId], references: [id], onDelete: Cascade)
|
||||
|
||||
createdAt DateTime @default(now())
|
||||
updatedAt DateTime @updatedAt
|
||||
|
||||
@@index([kbId])
|
||||
@@index([status])
|
||||
@@schema("pkb_schema")
|
||||
}
|
||||
|
||||
model EkbChunk {
|
||||
id String @id @default(uuid())
|
||||
documentId String
|
||||
|
||||
content String @db.Text
|
||||
pageNumber Int?
|
||||
sectionType String?
|
||||
|
||||
// pgvector 字段（需要手动创建）
|
||||
embedding Unsupported("vector(1024)")?
|
||||
|
||||
document EkbDocument @relation(fields: [documentId], references: [id], onDelete: Cascade)
|
||||
|
||||
createdAt DateTime @default(now())
|
||||
|
||||
@@index([documentId])
|
||||
@@schema("pkb_schema")
|
||||
}
|
||||
```
|
||||
|
||||
**手动 SQL（创建索引）**：
|
||||
|
||||
```sql
|
||||
-- 创建 HNSW 索引
|
||||
CREATE INDEX IF NOT EXISTS ekb_chunk_embedding_idx
|
||||
ON "pkb_schema"."EkbChunk"
|
||||
USING hnsw (embedding vector_cosine_ops)
|
||||
WITH (m = 16, ef_construction = 64);
|
||||
|
||||
-- 创建全文检索索引
|
||||
CREATE INDEX IF NOT EXISTS ekb_chunk_content_idx
|
||||
ON "pkb_schema"."EkbChunk"
|
||||
USING gin (to_tsvector('simple', content));
|
||||
|
||||
-- 创建 JSONB GIN 索引（用于临床数据查询）
|
||||
CREATE INDEX IF NOT EXISTS ekb_document_pico_idx
|
||||
ON "pkb_schema"."EkbDocument"
|
||||
USING gin (pico);
|
||||
|
||||
CREATE INDEX IF NOT EXISTS ekb_document_safety_idx
|
||||
ON "pkb_schema"."EkbDocument"
|
||||
USING gin (safety);
|
||||
```
|
||||
- [知识库引擎架构设计](../../../02-通用能力层/03-RAG引擎/01-知识库引擎架构设计.md)
|
||||
- [pgvector 替换 Dify 开发计划](../../../02-通用能力层/03-RAG引擎/02-pgvector替换Dify计划.md)
|
||||
- [通用能力层 - RAG 引擎 README](../../../02-通用能力层/03-RAG引擎/README.md)
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
### Day 2：Embedding 服务 + 切片服务
|
||||
|
||||
**目标**：实现文本向量化和文档切片
|
||||
|
||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 创建 `EmbeddingService.ts`（阿里云 text-embedding-v3）
|
||||
- [ ] 创建 `ChunkService.ts`（RecursiveCharacterTextSplitter）
|
||||
- [ ] 单元测试：Embedding API 调用
|
||||
- [ ] 单元测试：切片效果验证
|
||||
- [ ] 环境变量配置（DASHSCOPE_API_KEY）
|
||||
|
||||
**交付物**：
|
||||
- `backend/src/common/rag/EmbeddingService.ts`
|
||||
- `backend/src/common/rag/ChunkService.ts`
|
||||
- 单元测试文件
|
||||
|
||||
**预计工时**：4-6 小时
|
||||
|
||||
**关键代码**：
|
||||
|
||||
```typescript
|
||||
// EmbeddingService.ts
|
||||
export class EmbeddingService {
|
||||
private apiKey: string;
|
||||
private baseUrl = 'https://dashscope.aliyuncs.com/api/v1/services/embeddings/text-embedding/text-embedding';
|
||||
|
||||
async embed(text: string): Promise<number[]> { ... }
|
||||
async embedBatch(texts: string[]): Promise<number[][]> { ... }
|
||||
async embedQuery(query: string): Promise<number[]> { ... }
|
||||
}
|
||||
|
||||
// ChunkService.ts
|
||||
export class ChunkService {
|
||||
splitDocument(
|
||||
text: string,
|
||||
options: { chunkSize: number; chunkOverlap: number }
|
||||
): Chunk[] { ... }
|
||||
|
||||
detectSections(text: string): Section[] { ... }
|
||||
}
|
||||
```
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
### Day 3：全要素提取服务
|
||||
|
||||
**目标**：实现 PICO、用药方案等临床数据的 AI 提取
|
||||
|
||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 创建 `ClinicalExtractionService.ts`
|
||||
- [ ] 设计提取 Prompt（参考 EKB 方案）
|
||||
- [ ] 实现三层 JSON 解析容错
|
||||
- [ ] 测试不同类型文献（RCT、综述、病例）
|
||||
- [ ] Prompt 调优（提高提取准确率）
|
||||
|
||||
**交付物**：
|
||||
- `backend/src/modules/pkb/services/ClinicalExtractionService.ts`
|
||||
- `backend/prompts/clinical_extraction.txt`
|
||||
- 测试用例
|
||||
|
||||
**预计工时**：6-8 小时（含 Prompt 调优）
|
||||
|
||||
**关键 Prompt**：
|
||||
|
||||
```
|
||||
你是一个医学数据专家。请阅读这篇文献，严格按照以下 JSON 格式提取关键信息。
|
||||
如果文中未提及，字段留空（null）。
|
||||
|
||||
提取字段：
|
||||
1. pico: { "P": "患者人群", "I": "干预措施", "C": "对照", "O": "结局指标" }
|
||||
2. studyDesign: { "design": "研究类型", "sampleSize": 数字, "blinding": "盲法" }
|
||||
3. regimen: [{ "drug": "药物名", "dose": "剂量", "frequency": "频率" }]
|
||||
4. safety: { "ae_all": ["不良反应列表"], "ae_grade34": ["严重不良反应"] }
|
||||
5. criteria: { "inclusion": ["纳入标准"], "exclusion": ["排除标准"] }
|
||||
6. endpoints: { "primary": ["主要终点"], "secondary": ["次要终点"] }
|
||||
|
||||
输出必须是纯 JSON，不要有任何前言或后缀。
|
||||
|
||||
---
|
||||
文献内容：
|
||||
{{fullText}}
|
||||
```
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
### Day 4：向量检索服务（pgvector SQL）
|
||||
|
||||
**目标**：实现基于 pgvector 的向量检索
|
||||
|
||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 创建 `VectorSearchService.ts`
|
||||
- [ ] 实现向量检索（余弦相似度）
|
||||
- [ ] 实现关键词检索（PostgreSQL FTS）
|
||||
- [ ] 测试检索性能（1000+ 向量）
|
||||
- [ ] 优化查询（索引使用验证）
|
||||
|
||||
**交付物**：
|
||||
- `backend/src/common/rag/VectorSearchService.ts`
|
||||
- 性能测试报告
|
||||
|
||||
**预计工时**：6 小时
|
||||
|
||||
**关键 SQL**：
|
||||
|
||||
```sql
|
||||
-- 向量检索
|
||||
SELECT
|
||||
c.id,
|
||||
c.content,
|
||||
d.filename,
|
||||
1 - (c.embedding <=> $1::vector) as score
|
||||
FROM "pkb_schema"."EkbChunk" c
|
||||
JOIN "pkb_schema"."EkbDocument" d ON c."documentId" = d.id
|
||||
WHERE d."kbId" = $2
|
||||
ORDER BY c.embedding <=> $1::vector
|
||||
LIMIT $3;
|
||||
|
||||
-- 关键词检索
|
||||
SELECT
|
||||
c.id,
|
||||
c.content,
|
||||
d.filename,
|
||||
ts_rank_cd(to_tsvector('simple', c.content), plainto_tsquery('simple', $1)) as score
|
||||
FROM "pkb_schema"."EkbChunk" c
|
||||
JOIN "pkb_schema"."EkbDocument" d ON c."documentId" = d.id
|
||||
WHERE d."kbId" = $2
|
||||
AND to_tsvector('simple', c.content) @@ plainto_tsquery('simple', $1)
|
||||
ORDER BY score DESC
|
||||
LIMIT $3;
|
||||
```
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
### Day 5：混合检索 + RRF 融合
|
||||
|
||||
**目标**：实现 R-C-R-G 架构中的混合检索
|
||||
|
||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 实现 RRF（Reciprocal Rank Fusion）算法
|
||||
- [ ] 实现并发三路检索（向量 + 关键词 + SQL 筛选）
|
||||
- [ ] 集成 Rerank API（可选，qwen-rerank）
|
||||
- [ ] 效果评估（对比 Dify 检索）
|
||||
- [ ] 参数调优（k 值、权重）
|
||||
|
||||
**交付物**：
|
||||
- RRF 融合模块
|
||||
- 效果评估报告
|
||||
|
||||
**预计工时**：6-8 小时
|
||||
|
||||
**RRF 算法**：
|
||||
|
||||
```typescript
|
||||
function rrfFusion(
|
||||
vectorResults: Result[],
|
||||
keywordResults: Result[],
|
||||
k: number = 60 // RRF 常数，通常取 60
|
||||
): Result[] {
|
||||
const scoreMap = new Map<string, number>();
|
||||
|
||||
// 计算 RRF 分数
|
||||
vectorResults.forEach((r, idx) => {
|
||||
const rrfScore = 1 / (k + idx + 1);
|
||||
scoreMap.set(r.id, (scoreMap.get(r.id) || 0) + rrfScore);
|
||||
});
|
||||
|
||||
keywordResults.forEach((r, idx) => {
|
||||
const rrfScore = 1 / (k + idx + 1);
|
||||
scoreMap.set(r.id, (scoreMap.get(r.id) || 0) + rrfScore);
|
||||
});
|
||||
|
||||
// 排序返回
|
||||
return Array.from(scoreMap.entries())
|
||||
.sort((a, b) => b[1] - a[1])
|
||||
.map(([id, score]) => ({ id, score }));
|
||||
}
|
||||
```
|
||||
|
||||
---
|
||||
|
||||
### Day 6：修改 knowledgeBaseService（检索替换）
|
||||
|
||||
**目标**：替换 Dify 检索为 pgvector 检索
|
||||
|
||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 修改 `searchKnowledgeBase()` 函数
|
||||
- [ ] 移除 `difyClient.retrieveKnowledge()` 调用
|
||||
- [ ] 使用 `vectorSearchService.hybridSearch()`
|
||||
- [ ] 保持返回格式兼容（前端零修改）
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||||
- [ ] 单元测试
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||||
|
||||
**交付物**：
|
||||
- 更新后的 `knowledgeBaseService.ts`
|
||||
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||||
**预计工时**：4 小时
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||||
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||||
**关键修改**：
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||||
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||||
```typescript
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||||
// 修改前
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||||
const results = await difyClient.retrieveKnowledge(
|
||||
knowledgeBase.difyDatasetId,
|
||||
query,
|
||||
{ retrieval_model: { search_method: 'semantic_search', top_k: topK } }
|
||||
);
|
||||
|
||||
// 修改后
|
||||
const searchResults = await vectorSearchService.hybridSearch(kbId, query, topK);
|
||||
|
||||
// 格式转换（保持兼容）
|
||||
return {
|
||||
query: { content: query },
|
||||
records: searchResults.map((r, idx) => ({
|
||||
segment_id: r.id,
|
||||
document_id: r.documentId,
|
||||
document_name: r.documentName,
|
||||
position: idx + 1,
|
||||
score: r.score,
|
||||
content: r.content,
|
||||
})),
|
||||
};
|
||||
```
|
||||
|
||||
---
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||||
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||||
### Day 7：修改 documentService（上传替换）
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||||
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||||
**目标**：替换 Dify 上传流程为本地向量化流程
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||||
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||||
**任务清单**：
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||||
- [ ] 修改 `uploadDocument()` 函数
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||||
- [ ] 移除 `difyClient.uploadDocumentDirectly()` 调用
|
||||
- [ ] 实现本地处理流程（提取 → 切片 → 向量化）
|
||||
- [ ] 移除 Dify 状态轮询逻辑
|
||||
- [ ] 实现自己的异步处理和状态更新
|
||||
- [ ] 单元测试
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||||
|
||||
**交付物**：
|
||||
- 更新后的 `documentService.ts`
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||||
|
||||
**预计工时**：6 小时
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||||
|
||||
---
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||||
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||||
### Day 8：集成测试 + 效果调优
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||||
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||||
**目标**：端到端测试，确保功能正常
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||||
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||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 前端测试：创建知识库
|
||||
- [ ] 前端测试：上传文档
|
||||
- [ ] 前端测试：RAG 检索问答
|
||||
- [ ] 效果对比：Dify vs pgvector 检索质量
|
||||
- [ ] 性能测试：检索延迟
|
||||
- [ ] Bug 修复
|
||||
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||||
**交付物**：
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||||
- 测试报告
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||||
- Bug 修复记录
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||||
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||||
**预计工时**：8 小时
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||||
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---
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### Day 9：数据迁移（现有文档向量化）
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||||
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||||
**目标**：将现有知识库文档迁移到新表并向量化
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||||
|
||||
**任务清单**：
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||||
- [ ] 编写迁移脚本（Document → EkbDocument）
|
||||
- [ ] 批量向量化现有文档
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||||
- [ ] 验证迁移完整性
|
||||
- [ ] 验证检索效果
|
||||
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||||
**交付物**：
|
||||
- `scripts/migrate-to-ekb.ts`
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||||
- 迁移日志
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||||
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||||
**预计工时**：6 小时
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||||
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||||
**迁移脚本**：
|
||||
|
||||
```typescript
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||||
// scripts/migrate-to-ekb.ts
|
||||
async function migrateDocuments() {
|
||||
// 1. 获取所有现有文档
|
||||
const documents = await prisma.document.findMany({
|
||||
where: { status: 'completed', extractedText: { not: null } },
|
||||
});
|
||||
|
||||
console.log(`Found ${documents.length} documents to migrate`);
|
||||
|
||||
// 2. 逐个迁移
|
||||
for (const doc of documents) {
|
||||
try {
|
||||
// 创建 EkbDocument
|
||||
const ekbDoc = await prisma.ekbDocument.create({
|
||||
data: {
|
||||
kbId: doc.kbId,
|
||||
userId: doc.userId,
|
||||
filename: doc.filename,
|
||||
fileType: doc.fileType,
|
||||
fileSizeBytes: doc.fileSizeBytes,
|
||||
extractedText: doc.extractedText,
|
||||
status: 'embedding',
|
||||
},
|
||||
});
|
||||
|
||||
// 切片
|
||||
const chunks = chunkService.splitDocument(doc.extractedText!);
|
||||
|
||||
// 向量化
|
||||
const embeddings = await embeddingService.embedBatch(
|
||||
chunks.map(c => c.content)
|
||||
);
|
||||
|
||||
// 存入数据库
|
||||
// ...
|
||||
|
||||
console.log(`✅ Migrated: ${doc.filename}`);
|
||||
} catch (error) {
|
||||
console.error(`❌ Failed: ${doc.filename}`, error);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
```
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||||
|
||||
---
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||||
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||||
### Day 10：清理 + 文档 + 上线
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||||
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||||
**目标**：清理遗留代码，更新文档，正式上线
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||||
|
||||
**任务清单**：
|
||||
- [ ] 删除 `DifyClient.ts`
|
||||
- [ ] 删除 `difyDatasetId` 字段（可选，下个版本）
|
||||
- [ ] 删除 `difyDocumentId` 字段（可选，下个版本）
|
||||
- [ ] 更新 `00-模块当前状态与开发指南.md`
|
||||
- [ ] 更新环境变量文档
|
||||
- [ ] 代码 Review
|
||||
- [ ] 合并到主分支
|
||||
|
||||
**交付物**：
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||||
- 更新后的文档
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||||
- 清理后的代码
|
||||
|
||||
**预计工时**：4 小时
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||||
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## ⚠️ 风险评估与应对
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||||
### 风险矩阵
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||||
| 风险 | 概率 | 影响 | 等级 | 应对措施 |
|
||||
|------|------|------|------|----------|
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||||
| 检索效果下降 | 中 | 高 | 🔴 | 效果评估 + 参数调优 + 回滚方案 |
|
||||
| API 兼容性问题 | 低 | 高 | 🟡 | 格式转换层 + 充分测试 |
|
||||
| Embedding API 限流 | 中 | 中 | 🟡 | 并发控制 + 重试机制 |
|
||||
| 迁移数据丢失 | 低 | 高 | 🟡 | 备份 + 验证 + 回滚 |
|
||||
| 性能下降 | 低 | 中 | 🟢 | 索引优化 + 缓存 |
|
||||
|
||||
### 回滚方案
|
||||
|
||||
如果新方案效果不理想，可以：
|
||||
1. 保留 `difyDatasetId` 字段，随时切回 Dify
|
||||
2. 新旧服务通过 Feature Flag 切换
|
||||
3. 灰度发布：先 10% 用户使用 pgvector
|
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## 📊 资源需求
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### 人力资源
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| 角色 | 工作量 | 说明 |
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|------|--------|------|
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||||
| 后端开发 | 10 人天 | 核心开发 |
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||||
| 测试 | 2 人天 | 集成测试 + 效果评估 |
|
||||
| **总计** | **12 人天** | 约 2 周 |
|
||||
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||||
### 技术资源
|
||||
|
||||
| 资源 | 用途 | 成本 |
|
||||
|------|------|------|
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||||
| 阿里云 DashScope | Embedding API | ~¥50/月 |
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||||
| 阿里云 DashScope | Rerank API（可选） | ~¥20/月 |
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||||
| PostgreSQL | 已有 | ¥0 |
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## ✅ 验收标准
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### 功能验收
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- [ ] 创建知识库：不依赖 Dify，直接创建
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||||
- [ ] 上传文档：本地处理 + 向量化
|
||||
- [ ] RAG 检索：混合检索效果 ≥ Dify
|
||||
- [ ] 全文阅读模式：正常工作
|
||||
- [ ] 批处理模式：正常工作
|
||||
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||||
### 性能验收
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||||
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||||
- [ ] 检索延迟：< 500ms（95 分位）
|
||||
- [ ] 上传处理：< 60s/文档（平均）
|
||||
- [ ] 向量化吞吐：> 100 文档/小时
|
||||
|
||||
### 质量验收
|
||||
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||||
- [ ] 检索召回率：≥ 80%（测试集）
|
||||
- [ ] 无 Dify 相关代码残留
|
||||
- [ ] 文档更新完整
|
||||
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## 📝 附录
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### A. 相关文档
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||||
- [企业级医学知识库综合技术解决方案 V2](../00-系统设计/企业级医学知识库_综合技术解决方案%20V2.md)
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||||
- [PostgreSQL与pgvector深度应用分析](../00-系统设计/医疗科研AI系统架构评估报告：PostgreSQL与pgvector在RAG及知识库中的深度应用分析.md)
|
||||
- [PKB模块当前状态](../00-模块当前状态与开发指南.md)
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||||
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||||
### B. 环境变量配置
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||||
```bash
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||||
# .env 新增
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||||
DASHSCOPE_API_KEY=sk-xxx # 阿里云 DashScope API Key
|
||||
EMBEDDING_MODEL=text-embedding-v3 # Embedding 模型
|
||||
EMBEDDING_DIMENSION=1024 # 向量维度
|
||||
RERANK_MODEL=gte-rerank # Rerank 模型（可选）
|
||||
```
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||||
### C. 依赖更新
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||||
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||||
```json
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||||
// package.json
|
||||
{
|
||||
"dependencies": {
|
||||
// 新增
|
||||
"langchain": "^0.1.0", // 可选，用于切片
|
||||
"p-queue": "^8.0.0" // 并发控制
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
```
|
||||
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||||
---
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||||
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||||
**文档维护**：PKB 模块开发团队
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**最后更新**：2026-01-19
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||||
**下次更新**：开发完成后更新进度
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||||
|
||||
**请访问新文档位置获取最新内容。**
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||||
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||||
@@ -369,3 +369,6 @@ const newResults = resultsData.map((docResult: any) => ({
|
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||||
@@ -242,3 +242,6 @@ const chatApi = axios.create({
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||||
@@ -775,6 +775,9 @@ docker exec redcap-apache php /tmp/create-redcap-password.php
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||||
@@ -157,6 +157,9 @@ AIclinicalresearch/redcap-docker-dev/
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Reference in New Issue
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