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feat(asl): Complete Tool 4 SR Chart Generator and Tool 5 Meta Analysis Engine

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Tool 4 - SR Chart Generator:
- PRISMA 2020 flow diagram with Chinese/English toggle (SVG)
- Baseline characteristics table (Table 1)
- Dual data source: project pipeline API + Excel upload
- SVG/PNG export support
- Backend: ChartingService with Prisma aggregation
- Frontend: PrismaFlowDiagram, BaselineTable, DataSourceSelector

Tool 5 - Meta Analysis Engine:
- 3 data types: HR (metagen), dichotomous (metabin), continuous (metacont)
- Random and fixed effects models
- Multiple effect measures: HR / OR / RR
- Forest plot + funnel plot (base64 PNG from R)
- Heterogeneity statistics: I2, Q, p-value, Tau2
- Data input via Excel upload or project pipeline
- R Docker image updated with meta package (13 tools total)
- E2E test: 36/36 passed
- Key fix: exp() back-transformation for log-scale ratio measures

Also includes:
- IIT CRA Agent V3.0 routing and AI chat page integration
- Updated ASL module status guide (v2.3)
- Updated system status guide (v6.3)
- Updated R statistics engine guide (v1.4)

Tested: Frontend renders correctly, backend APIs functional, E2E tests passed
Made-with: Cursor
This commit is contained in:
HaHafeng
2026-02-26 21:51:02 +08:00
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docs/00-系统总体设计/00-系统当前状态与开发指南.md
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@@ -1,12 +1,13 @@
# AIclinicalresearch 系统当前状态与开发指南
> **文档版本：** v6.2
> **文档版本：** v6.3
> **创建日期：** 2025-11-28
> **维护者：** 开发团队
> **最后更新：** 2026-02-26
> **🎉 重大里程碑：**
> - **🆕 2026-02-26：ASL 工具 4 SR 图表生成器 + 工具 5 Meta 分析引擎开发完成！** PRISMA 流程图（中英切换）+ 基线特征表 + Meta 分析（HR/二分类/连续型）+ 森林图/漏斗图 + R Docker meta 包 + E2E 36/36 通过
> - **🆕 2026-02-26：CRA Agent V3.0 P0+P1 全部完成！** 自驱动质控流水线 + ChatOrchestrator + LLM Function Calling + E2E 54/54 通过
> - **🆕 2026-02-24：ASL 工具 3 V2.0 架构升级至散装派发 + Aggregator！** 9 条研发红线 + 散装派发与轮询收口任务模式指南 v1.1 沉淀
> - **2026-02-24：ASL 工具 3 V2.0 架构升级至散装派发 + Aggregator！** 9 条研发红线 + 散装派发与轮询收口任务模式指南 v1.1 沉淀
> - **2026-02-23：ASL 工具 3 V2.0 开发计划完成！** HITL + 动态模板 + M1/M2/M3 三阶段 22 天
> - **🆕 2026-02-23：ASL Deep Research V2.0 核心功能完成！** SSE 实时流 + 段落化思考 + 瀑布流 UI + Markdown 渲染 + 引用链接可见 + Word 导出 + 中文数据源
> - **🆕 2026-02-22：SSA Phase I-IV 开发完成！** Session 黑板 + 对话层 LLM + 方法咨询 + 对话驱动分析，E2E 107/107 通过
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> - **2026-01-24：Protocol Agent 框架完成！** 可复用Agent框架+5阶段对话流程
> - **2026-01-22：OSS 存储集成完成！** 阿里云 OSS 正式接入平台基础层
>
> **🆕 最新进展（ASL 工具 3 架构升级 + V2.0 核心完成 2026-02-24）：**
> - 📋 **🆕 ASL 工具 3 V2.0 架构升级至散装派发 + Aggregator** — 废弃 Fan-out，采用散装模式（v2.0 定稿，9 条研发红线，M1/M2/M3 三阶段 22 天）
> - 📋 **🆕 散装派发与轮询收口任务模式指南 v1.1** — Postgres-Only 合规的 Level 2 批量任务处理模式（API 散装 → N Worker → Aggregator 收口）
> - 📋 **分布式 Fan-out 任务模式开发指南** — Level 3 参考（8 模式 + 18 反模式，已不用于 ASL 工具 3）
> - ✅ **🎉 ASL Deep Research V2.0 核心功能完成** — SSE 流式架构 + 瀑布流 UI + HITL + 5 精选数据源 + Word 导出
> - ✅ **SSE 流式替代轮询** — 实时推送 AI 思考过程（reasoning_content），段落化日志聚合
> - ✅ **Markdown 渲染 + 引用链接可见化** — react-markdown 正确渲染报告，`[6]` 后显示完整 URL
> - ✅ **中文数据源专项测试** — CNKI/中华医学期刊网 domain_scope 有效，混合源建议分批搜索
> - ✅ **DeepSearch 通用能力指南 v2.0** — `docs/02-通用能力层/04-DeepResearch引擎/`
> - ✅ **🎉 SSA Phase I-IV 全部开发完成** — Session 黑板 + 意图路由器 + 对话层 LLM + 方法咨询 + AskUser 标准化 + 对话驱动分析 + QPER 集成
> - ✅ **SSA E2E 测试全部通过** — Phase I 31/31 + Phase II 38/38 + Phase III 13/13 + Phase IV 25/25 = 共 107 项
> **🆕 最新进展（ASL 工具 4+5 开发完成 2026-02-26）：**
> - ✅ **🎉🆕 ASL 工具 4 SR 图表生成器完成** — PRISMA 2020 流程图（中英切换）+ 基线特征表 + 双通道数据源（项目流水线/Excel）+ SVG/PNG 导出
> - ✅ **🎉🆕 ASL 工具 5 Meta 分析引擎完成** — HR/二分类/连续型 3 种数据类型 + 随机/固定效应模型 + 森林图/漏斗图 + R Docker meta 包 + E2E 36/36 通过
> - ✅ **🆕 R Docker 镜像更新** — 新增 meta 包，工具总数从 12 增至 13（ST_META_ANALYSIS）
> - ✅ **🎉 ASL 工具 3 M1+M2 开发完成** — 散装派发+Aggregator + MinerU VLM + XML Prompt + HITL 审核抽屉 + Excel 导出
> - ✅ **🎉 SSA Phase I-IV 全部开发完成** — Session 黑板 + 意图路由器 + 对话层 LLM + 方法咨询 + QPER 集成，E2E 107/107
> - ✅ **🎉 CRA Agent V3.0 P0+P1 完成** — ChatOrchestrator + LLM Function Calling + 4 工具 + E2E 54/54
>
> **部署状态：** ✅ 生产环境运行中 | 公网地址：http://8.140.53.236/
> **REDCap 状态：** ✅ 生产环境运行中 | 地址：https://redcap.xunzhengyixue.com/
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|---------|---------|---------|---------|---------|--------|
| **AIA** | AI智能问答 | 12个智能体 + Protocol Agent（全流程方案） | ⭐⭐⭐⭐⭐ | 🎉 **V3.1 MVP完整交付（90%）** - 一键生成+Word导出 | **P0** |
| **PKB** | 个人知识库 | RAG问答、私人文献库 | ⭐⭐⭐ | 🎉 **Dify已替换！自研RAG上线（95%）** | P1 |
| **ASL** | AI智能文献 | 文献筛选、Deep Research、全文智能提取 | ⭐⭐⭐⭐⭐ | 🎉 **V2.0 核心完成（80%）+ 🆕工具3计划v2.0就绪** - SSE流式+瀑布流UI+HITL+Word导出+散装派发+Aggregator+动态模板 | **P0** |
| **ASL** | AI智能文献 | 文献筛选、Deep Research、全文智能提取、SR图表、Meta分析 | ⭐⭐⭐⭐⭐ | 🎉 **V2.0 核心完成（90%）+ 🆕工具4+5完成** - SSE流式+瀑布流UI+HITL+Word导出+散装派发+PRISMA流程图+Meta分析引擎(R Docker) | **P0** |
| **DC** | 数据清洗整理 | ETL + 医学NER（百万行级数据） | ⭐⭐⭐⭐⭐ | ✅ **Tool B完成 + Tool C 99%（异步架构+性能优化-99%+多指标转换+7大功能）** | **P0** |
| **IIT** | IIT Manager Agent | CRA Agent - LLM Tool Use + 自驱动质控 + 统一驾驶舱 | ⭐⭐⭐⭐⭐ | 🎉 **V3.0 P0+P1完成！** ChatOrchestrator + 4工具 + E2E 54/54 | **P1-2** |
| **SSA** | 智能统计分析 | **QPER架构** + 四层七工具 + 对话层LLM + 意图路由器 | ⭐⭐⭐⭐⭐ | 🎉 **Phase I-IV 开发完成** — QPER闭环 + Session黑板 + 意图路由 + 对话LLM + 方法咨询 + 对话驱动分析，E2E 107/107 | **P1** |
@@ -169,9 +166,40 @@
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## 🚀 当前开发状态（2026-02-23）
## 🚀 当前开发状态（2026-02-26）
### 🎉 最新进展：ASL Deep Research V2.0 核心功能完成（2026-02-23）
### 🎉 最新进展：ASL 工具 4 + 工具 5 开发完成（2026-02-26）
#### ✅ ASL 工具 4 SR 图表生成器 + 工具 5 Meta 分析引擎
**重大里程碑：ASL 证据整合工具链（工具 3→4→5）核心功能全部完成！**
| 工具 | 核心功能 | 技术实现 | 状态 |
|------|---------|---------|------|
| 工具 4：SR 图表生成器 | PRISMA 2020 流程图（中英切换）| 前端 SVG 渲染 + I18N | ✅ |
| 工具 4：SR 图表生成器 | 基线特征表（Table 1） | Ant Design 动态列 | ✅ |
| 工具 4：SR 图表生成器 | 双通道数据源 | 项目流水线 API + Excel 上传 | ✅ |
| 工具 5：Meta 分析引擎 | HR / 二分类 / 连续型 | R meta 包（metagen/metabin/metacont） | ✅ |
| 工具 5：Meta 分析引擎 | 森林图 + 漏斗图 | R base64 PNG | ✅ |
| 工具 5：Meta 分析引擎 | 异质性统计量 | I²、Q、p、Tau² | ✅ |
| 工具 5：Meta 分析引擎 | 数据输入 | Excel 上传 + 项目流水线 | ✅ |
| 工具 5：Meta 分析引擎 | E2E 测试 | 36/36 通过（HR/OR/RR/连续型/边界情况） | ✅ |
**关键技术决策**：
- ✅ **R Docker 集成**：meta 包安装到 R Docker 镜像，Brain-Hand 架构复用 SSA 基础设施
- ✅ **Log 尺度回转**：meta 包返回 log 尺度 HR/OR/RR，R 脚本内 exp() 回转
- ✅ **Excel 优先输入**：用户下载 Excel 模板编辑数据后上传，避免浏览器内编辑表格的复杂度
- ✅ **PRISMA 中英切换**：I18N 对象驱动，默认中文（面向国内医生），英文用于 SCI 论文
**新增 API 端点**：5 个（工具 4: 2 个 + 工具 5: 3 个）
**新增前端路由**：2 个（`/charting` + `/meta-analysis`）
**R Docker 更新**：meta 包新增，工具总数 13
**相关文档**：
- 模块状态：`docs/03-业务模块/ASL-AI智能文献/00-模块当前状态与开发指南.md`
- R 引擎指南：`docs/02-通用能力层/06-R统计引擎/01-R统计引擎架构与部署指南.md`
### 🎉 ASL Deep Research V2.0 核心功能完成（2026-02-23）
#### ✅ ASL Deep Research V2.0 核心开发完成
@@ -1510,7 +1538,7 @@ npm run dev # http://localhost:3000
### 模块完成度
- ✅ **已完成**：AIA V2.0（85%，核心功能完成）、平台基础层（100%）、RVW（95%）、通用能力层升级（100%）、**PKB（95%，Dify已替换）** 🎉
- 🚧 **开发中**：**ASL（80%，🎉 V2.0 核心功能完成：SSE流式+瀑布流UI+HITL+Word导出+中文数据源）**、DC（Tool C 98%，Tool B后端100%，Tool B前端0%）、IIT（60%，Phase 1.5完成）、**SSA（QPER主线100% + Phase I-IV 全部完成，E2E 107/107，Phase VI 待启动）** 🎉
- 🚧 **开发中**：**ASL（90%，🎉 工具3 M1+M2 + 工具4 + 工具5 完成：PRISMA图+Meta分析+R Docker）**、DC（Tool C 98%，Tool B后端100%，Tool B前端0%）、IIT（60%，Phase 1.5完成）、**SSA（QPER主线100% + Phase I-IV 全部完成，E2E 107/107，Phase VI 待启动）** 🎉
- 📋 **未开始**：ST
### 部署完成度
@@ -1660,9 +1688,9 @@ if (items.length >= 50) {
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**文档版本**：v6.1
**最后更新**：2026-02-23
**本次更新**：ASL Deep Research V2.0 核心功能完成（SSE流式+段落化思考+引用链接可见化+瀑布流UI+Word导出+中文数据源）
**文档版本**：v6.3
**最后更新**：2026-02-26
**本次更新**：ASL 工具 4 SR 图表生成器 + 工具 5 Meta 分析引擎开发完成（PRISMA 中英切换 + Meta 分析 HR/二分类/连续型 + R Docker meta 包 + E2E 36/36）
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